“attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct …”这一串看似杂乱的字符串，其实就是从53名患者身上采集到的病毒样本而获得的武汉新型冠状病毒（2019-nCoV）的基因组序列。这些基因组序列由中国的科学家在1月初获得，并向全世界公开。
自然界中的遗传物质主要是DNA ，小部分是RNA。不管是DNA还是RNA，都是由核苷酸组成的。新型冠状病毒总共有近29，000个核苷酸，属于RNA病毒。许多关于新型冠状病毒基因组序列的分析已经出现在virological.org、nextstrain.org、bioRxiv等预印本网站上，甚至在国际期刊上都有关于它的报道。中国研究人员共享这些基因组序列，使世界各地的公共卫生实验室得以开发自己的病毒诊断方法。目前，已有18个国家发现了这种病毒。
西雅图华盛顿大学的生物信息学专家特雷弗·贝德福德认为：“综合分析这53名患者身上以及华南海鲜批发市场中采集的病毒样本，华南海鲜市场在新型冠状病毒传播中的作用仍然不明确。病毒基因组测序也推翻了‘病原体来自武汉中科院病毒学研究所’的阴谋论。”
目前，科学家正对新型冠状病毒（2019-nCoV）的基因组进行深入研究，试图了解它的起源，以及在蝙蝠和其他物种中发现的相关病毒系谱上的位置。从而确定它是如何变异，以及如何能被阻止。
蝙蝠体内的冠状病毒——RaTG13
武汉病毒学研究所冠状病毒专家石正丽团队和美国生态
健康联盟的疾病生态学家彼得·达萨克在中国各地的洞穴中研究蝙蝠已经有8年了，他们采样了1万多只蝙蝠和2000多种其他物种。通过从蝙蝠的粪便和血液中提取病毒样本，他们发现了约500种新的冠状病毒，其中大约50种与SARS病毒的亲缘关系相对较近。
2013年，他们在云南省的一个山洞里采集的中华菊头蝠粪便样本中，发现了冠状病毒RaTG13。石正丽等人最近发在《自然》的发表文章称，通过基因组全序列比对，2019-nCoV与RaTG13的基因同源性为96.2%，与SARS为79.5%。
果子狸身上的SARS冠状病毒与人类SARS病毒之间仅有10个核苷酸的差异，这有力地证明了SARS是由果子狸直接传染给人的。而2019-nCoV与RaTG13的基因组序列存在3.8%的差异性，这差异意味两者有近1100个核苷酸不同。
通过将病毒间核苷酸的差异与其他冠状病毒的假定突变率相结合，贝德福德教授认为，这两种病毒在25~65年前具有共同的祖先。因此，类似RaTG13的病毒可能需要数十年才能突变为新型冠状病毒。
达萨克教授说：“虽然RaTG13与新型冠状病毒有高度的基因组序列一致性，但不能认为新型冠状病毒是由RaTG13突变而来。据估计，一旦在中国南部和中部进行了更多的采样，将可能会发现许多其他病毒，其中一些可能和新型冠状病毒更相似。”
这也意味着，不能百分之百的认定云南的中华菊头蝠就是新型冠状病毒的源头！
病毒源头仍是未解之谜
一种病毒在人群中传播的时间越长，它就有更多的时间突变。科学家分析受感染人群中的病毒株发现，到目前为止，新型冠状病毒基因组序列彼此之间最多有7个核苷酸的差异，这表明它传染给人类的时间很短。这些证据表明，武汉华南海鲜市场在新型冠状病毒的传播中扮演了早期角色，但这是否是病毒最开始出现的地方仍不确定。
许多最早确认的新型冠状病毒案例都与武汉华南海鲜市场有关，但高达45%的案例（包括最早的几个案例）与武汉华南海鲜市场无关。这就提出了这样一种可能性，即人类最初感染新型冠状病毒发生在其他地方。
武汉华南海鲜市场的环境采样发现了新型冠状病毒存在的证据。在检测的585个样本中，有33个样本在新型冠状病毒检测中呈阳性，所有样本都在该市场的西部位置，那里是野生动物的销售地。
“来自野生动物销售地的阳性检测非常重要，”悉尼大学的进化生物学家爱德华·霍姆斯说。“如此高的阳性检测率强烈暗示，市场上的野生动物在病毒的出现中扮演了关键角色。”然而，目前还没有关于样本的预印本或正式的科学报告，因此尚不清楚哪些动物被检测出阳性。
由于缺乏关于病毒源头的明确结论，各种推断盛行，但是大多都在科学上站不住脚。1月22日，《医学病毒学杂志》在网上发表了一篇由北京大学等高校合作的基因组序列分析文章。
文章指出，虽然新型冠状病毒与在蝙蝠身上发现的病毒类似，但与在蛇身上发现的病毒最为相似。然而，很多专业学者对这个推断持反对意见，因为蛇是爬行动物，病毒传染给人类的可能性不高。蝙蝠是哺乳动物，相对来讲可能性更大。
关于为何要找到病毒的源头，达萨克说：“找出病毒暴发的源头，这绝不仅仅是由于好奇，更多的是一种责任。如果我们找不到源头，即使疫情最终得到控制，但是它仍有可能在未来某个时候、某个地方重新暴发。”
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